Las floraciones algales nocivas de especies productoras de toxinas lipofílicas representan una creciente amenaza global para la salud pública y los recursos marinos, con graves impactos socioeconómicos en las comunidades costeras. Los valiosos recursos de mariscos en la Patagonia chilena están sujetos a contaminación crónica con toxinas lipofílicas como el ácido okadaico (OA), dinofisistoxinas (DTX), pectenotoxinas (PTX), yesotoxinas (YTX) y sus análogos, que están relacionados con Dinophysis, principalmente D. acuta y D. acuminata, y floraciones de Protoceratium reticulatum. En este estudio, utilizamos muestras de mariscos filtradores recolectadas mensualmente en 75 estaciones de monitoreo en la región de Aysén durante 2024 y fueron analizadas mediante LC-MS/MS para estudiar la ocurrencia y diversidad de toxinas lipofílicas y su distribución espaciotemporal. Nuestros resultados revelaron patrones espaciales marcados en la contaminación por filtración. El área con mayor influencia de aguas oceánicas al oeste del Canal Moraleda mostró ausencia o bajas concentraciones de toxinas. Sin embargo, al este del Canal Moraleda, donde se ubican los fiordos y donde la fuerte estratificación halina es casi permanente, se identificaron áreas altamente contaminadas, como el Canal Jacaf y el Fiordo Puyuhuapi. Las concentraciones máximas de 567 y 482 µg/kg de OA y DTX1, respectivamente, se registraron en el chorito, Aulacomya atra, en abril de 2024. Estos mariscos también contenían concentraciones de 2,25 mg/kg de YTX. Este fiordo ha sido clasificado como un hotspot para este tipo de toxina en la última década debido a que ha sido el sitio de intensas floraciones de D. acuta y P. reticulatum debido a sus altos tiempos de residencia. Los resultados de este estudio pueden utilizarse para desarrollar estrategias de manejo basadas en evidencia.