Se evaluó el efecto del uso de semen fresco y crioconservado sobre el transcriptoma de larvas de P. orinoquensis, especie nativa de gran importancia productiva en Colombia, con el fin de identificar posibles alteraciones moleculares asociadas a la criopreservación. Se empleó una familia de hermanos completos obtenidos de parentales silvestres , dividiendo el desove en dos grupos, uno fertilizado con semen fresco y otro con semen crioconservado durante un año bajo un protocolo estandarizado que incluyó dimetilsulfóxido (10%), glucosa (5,5%) y yema de huevo (12%) como crioprotectores. Las larvas se incubaron en condiciones controladas y se muestrearon en el mismo estadio de desarrollo para el análisis de RNA-seq. De cada grupo se obtuvieron tres réplicas biológicas, conformadas por un conjunto de 5 larvas, las cuales fueron sacrificadas y preservadas en RNAlater® para evitar la degradación del ARN, y posteriormente almacenadas a -20 °C hasta su procesamiento. El procesamiento incluyó extracción y purificación de mRNA, construcción y validación de bibliotecas, y finalmente secuenciación en plataforma Illumina NovaSeq6000 PE150 . Los datos se depuraron y mapearon contra el genoma de Piaractus mesopotamicus usando HISAT2, calculando tasas de mapeo y distribución genómica. Posteriormente, se ensamblaron con Cufflinks/StringTie para predecir genes nuevos y refinar anotaciones existentes.
El análisis diferencial mostró un total de 3567 genes diferencialmente expresados (2094 sobreexpresados y 1473 subexpresados) en larvas obtenidas con semen crioconservado en comparación con semen fresco, con cambios significativos (|log₂ FC| ≥ 1, FDR ≤ 0.05). Entre los genes más sobreexpresados en el grupo crioconservado destacaron MHC clase I–like (HMR1_RAT) y ARRDC2 (Arrestin domain-containing 2 nd5 , relacionados con el estrés celular y en el recambio de receptores/control de señalización bajo estrés por frío/osmótico, respectivamente . El análisis GO (Gene Ontology), reveló que en larvas de semen crioconservado se aumentaron procesos como respuesta a estrés oxidativo y regulación negativa de la apoptosis, mientras que en el grupo de semen fresco se destacaron rutas de desarrollo somático y diferenciación celular. El análisis KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes ) mostró alteraciones significativas en rutas como, fosforilación oxidativa, metabolismo de ácidos grasos y procesamiento de proteínas en el retículo endoplasmático en el grupo crioconservado, en contraste con la activación de rutas de ribosoma y ciclo celular en el grupo fresco. Estos patrones sugieren que la crioconservación induce un cambio metabólico hacia la adaptación al estrés y posible compromiso en el desarrollo estructural temprano. El estudio evidenció que la crioconservación puede inducir cambios en la regulación génica temprana en larvas de P. orinoquensis, siendo la primera aproximación transcriptómica en la especie.