RESUMEN
La Flavobacteriosis es una enfermedad bacteriana causada por Flavobacterium psychrophilum, que afecta el cultivo de salmónidos en agua dulce a nivel mundial, siendo la trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) la especie más susceptible. En Chile, se han identificado cuatro serotipos, siendo los serotipos 1 y 2 los más virulentos y frecuentes aislados en esta especie. Además, se ha reportado el aislamiento de dos o más serotipos en un mismo centro de cultivo e incluso en un mismo hospedador; fenómeno conocido como infección mixta o coinfección. El objetivo del presente estudio fue identificar aislados de F. psychrophilum correspondientes al serotipo 1 y 2 y evidenciar si existen factores de virulencia y/o resistencias diferentes entre estos serotipos.
Se obtuvieron 6 aislados de procedentes de brotes de campo, los cuales fueron identificados mediante PCR y serotipificadas usando PCR múltiple. Así mismo, se realizaron pruebas bioquímicas automatizadas y ensayos de degradación enzimática. Posteriormente se realizó el secuenciamiento del genoma completo sólo de aislados identificados como serotipo 1 y 2 de F. psychrophilum. Los resultados identificaron un aislado perteneciente al serotipo 4, un aislado perteneciente al serotipo 1 y cinco aislados correspondientes al serotipo 2. No se observó diferencia en las pruebas automatizadas ni en las de degradación enzimática. Se utilizó el software abricate con la base de datos VFDB. El programa se corrió bajo condiciones estándar de 90% de homología y cobertura. Sin embargo, no se encontraron coincidencias. Por lo que, se redujeron los parámetros a 65% de homología y cobertura, identificándose siete genes asociados a virulencia: htpB, katA, tviB, cap8E, siaC/synC, lirB, clpC, los cuáles fueron comunes en todos los aislados.