El cultivo de mejillones en Chile, también conocido como mitilicultura, es una actividad acuícola importante que se concentra principalmente en la Región de Los Lagos, específicamente entre Reloncaví y Chiloé. Esta industria genera más de 17 mil empleos y contribuye significativamente a la economía nacional a través de las exportaciones. Chile es el segundo productor mundial de mitílidos (choritos) después de China y el primer exportador del mundo. La mitilicultura enfrenta diversos desafíos para mantener su nivel de producción, siendo estos necesarios de ser abordados desde uns perspectiva interdisciplinaria. El presente trabajo presenta una revisión de distintos estudios realizados en INCAR en mitilicultura desde un perspectiva genómica hasta productiva en un contexto de ecosistemas cambiantes. En referencia a genómica de Mytilus chilensis, nuestro centro ha focalizado su investigación en comprender l as adaptaciones locales y cómo la selección natural mantiene los fenotipos adaptativos en ambientes contrastantes. Consecuentemente, este trabajo usó un enfoque integrado de genómica y epigenómica para analizar aspectos de la adaptación local en M. chilensis en el mar interior de Chiloé (41°–43°S). El análisis poblacional de 60 genomas re-secuenciados NGS–WGRS de individuos de Reloncaví (41.8°S), Hualaihué (42.6°S) y Castro (42.8°S) reveló baja divergencia genética, aunque significativa (Fst=0.04, p<0.01, FstMax=0.49), e identificó SNPs exónicos que sugieren adaptaciones locales. Por otra parte, se realizó un análisis epigenómico, evidenciando la interacción entre la variación genética y ambiente que sustenta aspectos de la adaptación local. De forma paralela, se presenta aspectos relevantes de la ecología de los bancos naturales y el transporte de semillas asociados con la actividad acuícola. En conjunto, el presente trabajo aporta con una valiosa herramienta interdisciplinaria para programas de trazabilidad y conservación de bancos naturales, contribuyendo al manejo sustentable de este recurso bajo escenarios de cambio climático y presión productiva.