La tilapia (Oreochromis spp. ) es una de las principales especies piscícolas cultivadas en el mundo. México produce 80,000 toneladas al año y Sinaloa es el sexto productor nacional. La tilapia crece en diferentes ambientes (agua dulce, salada y salobre ) por lo que es susceptible al ataque por diversos microorganismos que afectan su desarrollo y causan enfermedades, algunas transmisibles al humano. El objetivo de este trabajo fue estimar la prevalencia de bacterias patógenas para el hombre y/o tilapia (Oreochromis spp.), en tilapia y agua de estanque en granjas acuícolas de Sinaloa , México, así como estudiar las características genómicas de Escherichia coli ACM5 recobrada de tilapia. Se investigó la presencia de mesófilos aerobios (MA) , coliformes totales (CT), coliformes fecales (CF), E. coli , Staphylococcus aureus , y Streptococcus spp. en 61 muestras de masa muscular de tilapia (Oreochromis spp.) y 65 muestras de agua proveniente de 29 granjas de Sinaloa. Se utilizaron placas Petrifilm 3M para la determinación de CT, CF, MA y S. aureus ; la presencia de E. coli , y Streptococcus spp. , se investigó uti lizando agar McConkey y agar Sangre. La identificación bacteriana se realizó mediante pruebas bioquímicas convencionales y el sistema Vitek (Biomériux). La secuenciación se realizó en la plataforma Illumina MiniSeq . El ensamble de novo se realizó con SPAdes y A5; los contigs obtenidos se concatenaron con Mix y para obtener los scaffolds se utilizó el servidor MEDUSA y el genoma de E . coli AMSHJX01 (CP030939 - Genebank accesión) como referencia. La anotación se realizó con Prokka v1.14. Para l a tipificación in silico se utilizaron las herramientas SerotypeFinder v2.0, MLST v2.0, ResFinder v3.2 y VirulenceFider v2.0 para determina r el serotipo, el tipo de secuencia ST, los determinantes de resistencia a antibióticos adquiridos, y de virulencia, respectivamente. Se detectaron MA en el 89% de las muestras, con un promedio de 1.58 x 106 UFC/mL ; CT en el 64% de las muestras con un promedio de 2.4 x 104 UFC/mL y CF en el 48% de las muestras con un promedio de 3.84 x 102 UFC/mL . Por otra parte S. aureus se detectó en 2 muestras a una concentración de 3.0 x 101 UFC/mL . Las bacterias más prevalentes fueron Escherichia coli (48) y Enterobacter agglomerans (21). El genoma de E. coli ACM5 fue ensamblado en 27 scaffolds , con una longitud total de 5, 262,724 pb y contenido G+C de 50.45%. Se identificaron 5,391 genes, 5,075 CDS (1,362 proteínas hipotéticas), 10 ARNr, 89 ARNt y 216 ARNnc . Por otra parte, la tipificación in silico sugiere que E. coli ACM5 expresa un serotipo O-H: 21 y pertenece al grupo clonal ST40 según el esquema de tipificación de Achtman. En cuanto a resistencia a antimicrobianos, se identificó la secuencia del gen mdf(A) , codi ficante para un sistema de eflujo de múltiples drogas. Sorprendentemente, se identificaron las secuencias d e los genes astA e iss que codifican la enterotoxina termo-estable EAST-1 y la proteína Iss , respectivamente. La toxina EAST-1 fue descrita primeramente en el patotipo EAEC, mientras que Iss fue identificada en un aislado obtenido de septicemia y está relacionada con el incremento en la resistencia al c omplemento sérico. Lo anterior evidencia el potencial patogénico que este aislado de E. coli proveniente de peces de una granja acuícola posee y el posible riesgo para la salud en caso de consumo de productos crudos por personas inmunocomprometidas Palabras clave: acuacultura, Oreochromis, E. coli , NGS, coliformes fecales .